Азово-Черноморское территориальное управление Росрыболовства осуществляет функции по контролю, надзору за ВБР и средой их обитания во внутренних водах РФ, по охране, рациональному использованию, сохранению, воспроизводству ВБР, по определению категорий водных объектов, согласованию размещения хозяйственных и иных объектов, а также внедрения новых технологических процессов, влияющих на состояние водных биологических ресурсов и среды их обитания и других условий водопользования, а также выдаче разрешений на добычу ВБР.